Пока нам не удалось воспроизвести такую ситуацию, с тем чтобы точно диагностировать причину. На всякий случай обратите внимание, если при занрузки Windows модем будет выключен, то система его "не увидит".

Самый простой способ обойти проблему - установить модем вручную:
Control Panel -> Add Hardware -> Add a device -> Add new device -> Select from a list -> Modems -> Don't detect modem -> ...
В этом случае модем будет установлен "жестко", и система не будет производить его поиск при каждом запуске.