Сейчас наш makefile вызывает makefile от ядра и говорит ему что "вот тут вот есть модуль, его покомпилить надо" и дальше уже ядреный makefile компилирует модуль, что он при этом попутно будет делать, наш makefile уже не контролирует.
Что касается device not found, то проверьте нет ли конфликтов по адресам (и другим ресурсам) с другими устройствами. Вообще будет лучше если вы выберите сами базовый адрес, прерывание (нужно также отдать его Legacy ISA в BIOS) и канала ПДП и укажите их в cronyx.conf.