Диагностическая программа не меняет конфигурацию Omega2-PCI (для Omega-PCI возможно переключить режим эмуляции). Думаю, что проблема имеет вероятностное проявления, а запуск диагностики не причем.

Я попробовал воспроизвести проблему на плате собранной из последней партии чипов. Воспроизвести именно вашу проблему не удалось. Есть подозрение, что Омега была не до конца вставлена в PCI-разъем, либо в нём был плохой контакт.

Если проблема еще проявится, то перед обращением в поддержку обновите драйвера (последняя версия от 22 мая).

--
С уважением,
Леонид Юрьев / Leo Yuriev
КБ Кроникс / Cronyx Engineering