Другое дело, что часто делают единую синхронизацию (иногда это невозможно).

А если есть отличия по частоте, то Вы правильно заметили - байты выбрасываются или вставляются. Это называется "Slip операция".

ФАП нужен для восстановления синхросигнала, а не для выравнивания частот.