Причин может быть несколько:
1) Во FreeBSD относительно медленный/не_оптимальный драйвер асинхронных мульти-портов. Часто он просто не успевает все обработать. Кроме этого, на протяжении уже нескольких лет объективно проявляются некоторые "странности", которые к сожалению никто из разработчиков не береться вылечить.
2) Во FreeBSD пока используется не совсем удачная архитектура внутренней блокировки, вследствии чего система часто практически полностью блокируется (включая прерывания), в частности, при переключении "экранов" консоли. Если в добавок установлен медленный видео-адаптер и админ любит "рулит" на нескольких консолях, то сами понимаете...